由于含PFCs产品的大量使用，以及含PFCs的工业污水进入城市污水处理厂，处理后的污水含有大量的PFCs，排放后导致自然水体受到污染。因此污水处理厂成为PFCs类污染物的重要归趋，也成为自然水体和饮用水体中PFCs的一个重要来源。据报道，纽约6座污水处理厂出水中含有多种PFCs。 而传统的污水处理多采用沉降、过滤(一阶处理技术)、生物处理(二阶处理技术)等方式，而一阶处理技术对PFCs浓度几乎没有影响，二阶生物处理由于其前体物生物降解往往还会增加出水中PFOS和PFOA浓度。同时由于每个污水处理厂的污水中掺有不同来源的工业污水，采用的生物处理工艺也不同，就造成出水中PFCs浓度有升有降。