微波杀菌、保鲜是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用；而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100摄氏度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70-90摄氏度，时间约为几分钟。