首先，微生物菌剂促生根的原理不同于生根剂生根粉促生根的原理。

生根剂生根粉促生根的原理：在作物生产应用中有吲哚乙酸、吲哚丁酸、萘乙酸，御根生，br生根剂，复硝酚钠等多个成分，是在植物体内维持植物的顶端优势，诱导同化产物向产品(果实)运输，促进植物生根等。

微生物菌剂促生根的原理：通过施入土壤后开始繁殖，持续分泌细胞分裂素、吲哚乙酸、赤霉素等生长素及氨基酸等活性物质改善土壤环境，间接作用于植物，并不是直接作用植物，基本适用于所有植物。促进生根，根白、根长，毛细根数量增加一倍以上，吸水，吸肥能力增强，茎粗、苗壮，移栽不缓苗。

其次，微生物菌剂促生根的持效期更长，不仅能够爆发式生根，还可以持续生根，且作物长势更健康。

我们都知道，生根粉的使用持效期短，且一般都有一个使用浓度范围说明，太低效果不明显或者没效果，太高不但没有效果还可能抑制生根或引起药害、伤根伤苗，甚至造成植物死亡。

比如，生根粉常用的主要是吲哚乙酸和萘乙酸钠，萘乙酸本身是促主根的，吲哚丁酸是促毛细根的，但萘乙酸容易出药害，轻者叶片卷曲，落花落叶，严重者直接抑制不长，更严重的直接死苗。