1、持续提供作物生长所需要的养分。

生物有机肥中含有大量的有机质，施入土壤后经微生物缓慢分解，部分会变成简单的矿质元素（这个过程叫做矿质化），源源不断地供给作物生长；同时还释放出大量的二氧化碳，供作物吸收利用和促进作物光合作用，提高作物产量。

有机质在微生物分解过程中还能产生各种酚、维生素、酶、生长素及类ji素等物质，促进作物根系生长和对养分的吸收。而且生物有机肥中还含有固氮菌、解磷、解钾菌等微生物，可利用空气中的氮，并释放土壤中不易被作物吸收的钾和磷，持续供给作物养分。

2、改良土壤团粒结构，使其疏松肥沃。

有机质在微生物的分解转化过程中，同时也会形成另一种复杂的物质——腐殖质（这个过程叫做腐质化）。腐殖质是促进土壤团粒结构形成的重要物质。

腐殖质将土壤单粒粘结在一起形成团聚体，即土壤团粒结构，与单粒结构相比较，其总孔隙度较大。单粒之间形成小孔隙、团聚体间形成大孔隙，小孔隙能保持水分，大孔隙则保持通气。

这样的团粒结构土壤（壤质土）具有良好的物理性状，疏松透气、保水保肥，同时改善了土壤耕性和提高土壤保温能力，能保证植物根系的良好生长，适于作物栽培。

反过来说，物理性质良好的土壤必然含有丰富的土壤团粒结构，而土壤团粒结构必须要有腐殖质的参与，腐殖质又是经过有机质分解合成而来。因此，有机肥的重要性不言而喻，土壤中施入生物有机肥必不可少。

3、增强微生物活性。

一方面，生物有机肥中含有大量的有益微生物，可以加快有机质的分解，为作物提供养分及改良土壤环境；另一方面，有机肥也为土壤微生物的繁殖和活动创造了良好的环境条件，可以增强土壤微生物活性，促进作物根际营养。

两者之间是相辅相成的关系，而且有益微生物占据优势地位，也遏制了有害微生物的繁殖。

再者，生物有机肥中的枯草芽孢杆菌等有益微生物利用土壤中的有机质，产生的次级代谢物中含有大量的促生长类物质，如：

生长素能促进植物伸长生长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率等。在多种促生长类物质的调节下，可以使作物产量提高、品质提升，达到增产增收。

4、减少养分固定，提高养分的有效性。

生物有机肥含有许多有机酸、腐植质酸及其他羟基类物质，它们都具有很强的螯合能力，能与许多金属元素螯合形成螯合物，可防止土壤对这些营养元素的固定而失效。

比如，生物有机肥与磷肥掺合施用，其中的有机酸等螯合物能将土壤中活性很强的铝离子螯合，可防止铝与磷结合形成作物很难吸收的闭蓄态磷，大大提高土壤有效态磷含量。

5、提高化肥利用率。

在实际生产中，化肥的利用率只有30%～45%甚至更低，未被利用的化肥一部分分解释放到大气中，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接利用，造成土壤酸化/盐渍化和板结等不良后果。

当施入生物有机肥后，其有益微生物活动就能改善土壤结构，增加土壤保水保肥能力，从而减少养分的流失。加上有机质、有益微生物解磷解钾作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。

此外，土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用。而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，能把微量元素钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加土壤的供肥能力。