废物不需任何的前处理就可以送入医用垃圾焚烧炉中焚烧，以免对操作人员造成伤害。暂存仓有害气体及废弃物中渗滤液送入高温焚烧炉中进行焚烧处理，使医疗废弃物完全无害化。人们对城市小型垃圾焚烧炉造成的环境污染越来越重视，因此医用垃圾焚烧炉越来越受到重视。医用垃圾焚烧炉中氯的结合力很强，与其他元素反应后可生成氯化物，是产生有害物质。此外，与氯相同，卤素系的溴、氟、碘等也有阻燃特性，会在炉内火焰表面形成低温层，对策是将氯、溴系列的塑料从垃圾中严格分类出来，不可以一起焚烧。